2021/03/30

文献管理ソフトZotero ~SyncとZotFile編~

 私は、zoteroと同じフォルダ(collection)構成で文献pdfファイルを整理しています。それを半自動で行うために、ZotFileを使用しています。ZotFileの"Use subfolder defined by"を使うので、制約上、zoteroと文献ファイルは絶対パスでリンクされています。この状況でzoteroを同期する方法を紹介します。


目次


1. この記事の前提条件

1-1. 動作確認環境

  • Zotero 5.0.96.1
  • mac1: macOS Mojave (10.14.5) (MacBook Air 2018)
  • mac2: macOS High Sierra (10.13.6) (MacBook Air mid 2011)

なお、本記事ではiOS系のzoteroを使用することを想定していない(この使い方だとiOS系zoteroではpdfが見れなくなる(文献情報は見れるはず))。

1-2. zoteroの設定

  • Zoteroでのファイル整理に、ZotFileを使用
  • ZotFileでは、Use subfolder defined byを使用
    (zoteroと同じフォルダ(collection)構成で文献pdfファイルを整理する機能)
    (ZotFile設定のGeneral Settingsタブにある)
  • コピペでもsyncできるようにしたい


2. ファイルの場所

zotero.sqliteなど(文献情報)と、文献pdfファイルのあるフォルダーの場所。
なお、複数PC間でパスを共通化するために、共通のパスのシンボリックリンクを作っている。
  • mac1
    • /Volumes/MYVOLUME/foobar/paperz
    • シンボリックリンク: /Volumes/paperz/Zotero
      ( -> /Volumes/MYVOLUME/foobar/paperz )
  • mac2
    • /Users/username2/Desktop/paperz
    • シンボリックリンク: /Volumes/paperz/Zotero
      ( -> /Users/username2/Desktop/paperz )




3. 私のZotFile関連設定

文献pdfファイルを絶対パスで管理し、ZotFileで半自動でフォルダ分類・整理する。

3-1. Zotero設定

  • Preferences > Advancedタブ > Files and Folders
    • Linked Attachment Base Directory
      何も設定しない
    • Data Directory Location
      • Custom: /Volumes/MYVOLUME/foobar/paperz (mac1の場合)
        (なお、この欄はシンボリックリンクを入力してもリンク先のフォルダに自動変換される)

3-2. ZotFile設定

  • Tools > ZotFile Preferences > General Settingsタブ
    • Custom Location: /Volumes/paperz/Zotero
    • Use subfolder defined by /_undefined/%c/%{%F_}{%t}{(%y)}

あとはzoteroで整理したい文献にて、

右クリック > Manage Attachments > Rename Attachments 

すると、自動的にcollectionの名前のフォルダーが生成され、そこにpdfが移動する。


4. sync方法

①コピペと、②zoteroアカウントを使う方法と、2種類紹介する。正直、②にメリットはなく、①だけで事足りる。

4-1. コピペでsync

mac1のpaperzフォルダと、mac2のpaperzフォルダが同じになるように、コピペ・マージする。

あるいは、Dropbox等のクラウドストレージで自動的に同期させてもよいだろう、通信は発生するが。


4-2. Zotero文献情報だけZoteroのsync機能で同期

ただし、文献pdfファイルは、4-1の方法でコピペで同期する必要がある。
4-2-1. 設定
  • まず、zoteroのアカウントを取得
  • Preferences > Syncタブ
    • zoteroにログイン
    • Sync Automatically
    • Sync full-text content

Syncされない場合は、Zoteroの右上にある、丸まった矢印ボタンを押す。

4-2-2. はまった点
  • 私は巨大な文献を保有していて、目次も長大である。ZotFileを使ってRename Attachmentsをやると、noteに目次が自動的に出力される。ところでzoteroアカウントでの同期では、noteは25000文字以下という制限があるらしい。なのでsync中にエラーで止まった場合は、原因のアイテムを突き止めて、Attachmentファイル(pdfファイル)を選択 > 右ペインに表示されるnoteの内容を全選択 > deleteした。

5. その他

  • zoteroのsyncの良いところ

    • コピペでもsyncできる
    • zoteroアカウントでオンライン同期の場合、同期タイミングの問題でconflictがあっても、どのように解消するか選択画面で選べる
      (別の文献管理ソフトで、conflict無視で強制的に統合されて困ったことがあるので、この辺は嬉しい)

  • zoteroのsyncの注意点

    • ZotFileで"Use subfolder defined by"を使う場合は、全端末で文献pdf保存フォルダーのパスを揃えなければならない。
      (厳密には、zoteroのデータベースに登録されているパスを毎回sqlite3で書き換えれば、パスが揃って無くても複数PCで運用できる、一応)

  • 文献pdfも全部zoteroアカウントで同期することは可能だが、300MB以上は有料で、少し値段が高かったので採用しなかった。

  • WebDAVでsyncする方法もあるらしい。